共有電子対では双方の結合軌道＊の電気陰性度の平均値、例えば、水素化物(X-H)では、 ( X + H)/2 を X - H結合 軌道の電気陰性度とする。
孤立電子対では、電気陰性度の値がゼロの原子との結合とみなし、孤立電子対収容軌道の電気陰性度の値の 1/2 とする。こうすることで例えば N, O化合物での配位結合・水素結合は、共有電子対ではなく孤立電子対が担う事実との間で矛盾が生じない。軌道の電気陰性度が、共有電子対の存在軌道＞孤立電子対の存在軌道となるからだ。何度も言うが、電子対の存在する軌道の電気陰性度が低いほど電子対の塩基性度は高くなる。
＊ mullikenの電気陰性度：化学便覧 基礎編Ⅱ 1133(1966)には軌道毎の値の記載がありポーリングの電気陰性度に換算した値もある。この話での値は全てポーリングの 値に換算した数値である。